Desde el año 2004, el Tratado Antártico funciona a través de una institución permanente, la Secretaría Ejecutiva del Sistema del Tratado Antártico, que actualmente es presidida por Manfred Reinke.
La sede de la Secretaría Ejecutiva se ubica en Buenos Aires, Argentina.
Las tareas realizadas por la Secretaría, según establece la Medida 1 (2003) son:
1.- Brindar apoyo para las Reuniones Consultivas del Tratado Antártico (RCTA), que se celebran anualmente, y la reunión del Comité para la Protección del Medio Ambiente (CPA);
2.- Facilitar el intercambio de información entre las Partes requerido en el Tratado y el Protocolo sobre Protección del Medio Ambiente;
3.- Compilar, almacenar, archivar y facilitar los documentos de la RCTA; y
4.- Suministrar y difundir información sobre el Sistema del Tratado Antártico y las actividades en la Antártida.
El trabajo de la Secretaría se caracteriza porque:
1.- Adopta todas sus decisiones por consenso o unanimidad
2.- No tiene normas coercitivas.
3.- Es de duración indefinida.
4.- Consulta un cuerpo colegiado de “Reuniones Consultivas”.
5.- Sus decisiones son: Recomendaciones, Medidas, Decisiones y Resoluciones.
6.- Congela los litigios de soberanía, pero resguarda las soberanías.
7.- Sistema basado en la cooperación y en el amplio intercambio de información.
Mayor información y documentación en sitio web de la Secretaría del Tratado Antártico.