El Instituto Antártico Chileno está conformado por los siguientes departamentos y su estructura esta organizada como se muestra en la imagen.

Los actuales objetivos estratégicos han llevado al INACH a emprender en los últimos años un proceso de modernización institucional, potenciando el perfil altamente capacitado de su personal y procurando una mayor especialización para el desarrollo y promoción de la investigación científica. La estructura organizacional actualizada a este año, es la siguiente: